Nakon raspada Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije početkom 90-ih godina, rijeka Sava, koja je bila najveća nacionalna rijeka, postala je međunarodna rijeka od velikog značaja.

Uspostavljanje Pakta o stabilnosti za Jugoistočnu Europu postavilo je čvrste temelje za aktivnu suradnju svih interesnih strana u regiji i otvorilo put ka stvaranju novog pristupa upravljanju vodnim resursima u slivu.

Uz podršku Pakta o stabilnosti, četiri zemlje u slivu rijeke Save – Bosna i Hercegovina, Savezna Republika Jugoslavija, Republika Hrvatska i Republika Slovenija ušle su u proces suradnje poznat kao „Inicijativa za sliv rijeke Save“. Proces je rezultirao “Pismom namjere” o pokretanju zajedničkih aktivnosti vezanih za rijeku Savu i njene pritoke, kojeg su ministri vanjskih poslova četiri zemlje potpisali u Sarajevu (BIH) 29. studenoga 2001.

Temeljna ideja savske inicijative sadržana u „Pismu namjere“ bila je korištenje, zaštita i nadzor vodnih resursa sliva rijeke Save na način koji bi omogućio „bolje uvjete života i podizanje životnog standarda stanovništva u regiji“ te pronalaženje odgovarajućeg institucionalnog okvira za unapređenje suradnje.

Uzimajući u obzir velike političke, ekonomske i društvene promjene koje su se događale u regiji te prihvaćajući ideju da surađuju u području održivog razvoja, korištenju, zaštiti i upravljanju vodnim resursima u slivu rijeke Save, zemlje u slivu prihvatile su izazov i uspjele zaključiti Okvirni sporazum o slivu rijeke Save (FASRB).

Tijek pregovora vođen je prilično brzo i konačan tekst je usklađen i završen iste godine kada je i započeo, što je poseban rekord u međunarodnim okvirima. Rezultat tog procesa je Okvirni sporazum o slivu rijeke Save (FASRB) – jedinstveni međunarodni ugovor koji integrira sve aspekte upravljanja vodnim resursima i kojim se uspostavlja (zajednička) Međunarodna komisija za sliv rijeke Save sa pravnim statusom međunarodne organizacije u svrhu provođenja Okvirnog sporazuma.

Nakon potpisivanja FASRB-a 3. prosinca 2002. godine u Kranjskoj Gori (Slovenija), značajan dio posla odradila je Privremena Savska komisija – privremeno zajedničko tijelo osnovano na Sastanku interesnih strana Inicijative za sliv rijeke Save, održanom 12. ožujka 2003. godine u Bruxellesu (Belgija) u organizaciji Radnog stola II Pakta o stabilnosti. Privremena Savska komisija osnovana je kako bi se pripremili svi koraci neophodni za uspostavljanje stalne komisije nakon stupanja FASRB-a na snagu.

U narednim godinama sve su strane ratificirale FASRB, koji je stupio na snagu 29. prosinca 2004. godine. Prva Osnivačka sjednica Savske komisije održana je 27. lipnja 2005. godine. U siječnju 2006. godine stalni Sekretarijat Savske komisije počeo je sa radom.